我們已經注意到，愛德華滋傾向於一種長老會主義，就像他之前的斯托達德一樣。如果愛德華滋認為普通信徒不需要他們所任命的領袖的引導是不合理的，那麼他認為「教會中不會出現任何一個案件是單一牧師或單一會眾無法處理的，並且在任何情況下都不需要訴諸、上訴或將案件提交給更高的審判」160，這似乎同樣不合理。
如果愛德華滋對「長老」的理解與美國長老會主義大相徑庭，那麼很難看出他的「大會」（synod）與長老會的「區會」（presbytery）之間有任何教會上的相似之處。讓我完整引用簡短的《雜記》928號，以展示愛德華滋在他從理性與啟示中發現的內容與實際的「長老會規訓」之間所發現的極其普遍的相似性。（讀者必須記住，長老會的高級法庭僅由長老會的職員組成，他們開會只為解決長老會的事務）：
928. 長老會規訓。自然律與神聖啟示的律法教導我們，要與同住一國的人聯合，對他們懷有特殊的感情，並使我們在許多方面與他們成為一體。甚至被擄到巴比倫的猶太人也被指示要為他們被擄去的城市尋求平安，儘管那是一個敵人的城市，曾不公正地毀滅了他們，並且被告知一個理由來促使他們這樣做：在那城市的平安中，他們也將有平安，因為他們是那裡的居民，他們的利益是聯合的。同樣，這律法也教導亞伯拉罕對所多瑪和平原其他城市的人民表現出極大的仁慈和尊重，儘管他不是那裡的人民，不受他們的政府管轄，也不是他們的共同體成員，與他們沒有任何關係，據我們所知，除了他住在同一個國家，儘管他在那裡是個陌生人，最近從遠方而來，在那地沒有固定的居所，而是帶著帳篷四處遷徙，儘管他們是非常邪惡的人，但他卻如何為他們的爭鬥投入自己，又如何冒著生命危險從敵人手中奪回他們所有的財物，向他們展示了極大的仁慈。儘管他部分是為了羅得的緣故才表現出這種仁慈，但這也表明，那些與一個民族同住的人，儘管他們非常邪惡且不配，卻也彷彿自然而然地與他們成為一體。亞伯拉罕將他們視為與他兄弟（羅得）同體同利的人，因此為了羅得的緣故對待他們，就像他對待羅得一樣。同樣，基督如何似乎認可百夫長對他所居住的猶太人所表現的仁慈（路 7:5）路 7:5 [完]
這是來自理性的光照，但愛德華滋也看到聖經清楚地教導了高級法庭的原則。事實上，
基督教會的長老們與以色列各城市的長老們非常相似。正如整個猶太民族代表了上帝的整個教會，是基督教會的預表，所以各個城市和城鎮在某些方面似乎代表了特定的教會。城市的長老們似乎就像我們新英格蘭這裡城鎮的選民。他們是城市中因年齡和判斷力而被居民選出來管理城市事務的主要人物。祭司在判斷力上優於他們。161
儘管對「長老會規訓」有如此籠統的描述，愛德華滋在更早的一篇《雜記》中卻更為具體。在「大會」（synods）一詞下，他寫道：「誰能否認牧師們可以互相徵求意見，或者為此目的聚會，為推進基督的國度而聚集？凡是持守多於此的人，都認為人有權為良心制定律法。」162 然而，這僅僅是教會的「建議」，遠不及長老會的權威，儘管長老會的權威並不聲稱「約束良心」。163
由於愛德華滋贊成「大會」的理念，他因此擔任漢普郡牧師協會的成員，但他似乎沒有超越科頓·馬瑟（Cotton Mather），也沒有那麼明確。馬瑟的《美洲基督的偉大歷史》（Magnalia Christi Americana）主張長老會和被視為使徒性的大會，其決定是「決定性的」。164 他將此視為「國家」教會的觀念，可能幫助形成了1820年著名的德德姆（Dedham）判決：「當一個公理會教會的多數成員與教區的多數成員分離時，留下的成員，儘管是少數，仍構成該教區的教會，並保留屬於該教會的權利和財產。」結果，該會眾三分之一的少數成員保留了名稱和頭銜。
證據顯示，愛德華滋贊成國家教會，儘管有許多努力將他解釋為對神權政治漠不關心，並認為會眾只由歸信者組成。165 他的推理很直接：彼此靠近的人應該一起敬拜。
69. 國家教會。這是赤裸裸的自然理性所顯明的，那些住在一起的人，如果沒有壓倒性的反對理由，就應該一起敬拜上帝。我說「一起」並非指地點，因為那些住在一百竿之內的人可能比住在五百竿之外的人離我更遠。但我指的是那些在同一利益中聯合，彼此依賴，其福祉更特別地依賴於彼此交流的人，以及上帝的護理將他們置於這樣一種境況，使他們透過交流而生存，無論這些境況是什麼，無論是因為他們在同一政府之下，或住在同一地方，或說同一語言，或無論他們的家庭、職位、省份、政府、王國、國家、基督教世界、世界——他們一起敬拜的義務與他們彼此的親近程度成正比。顯然，這樣的人有責任一起敬拜，因為他們在一個共同的利益中聯合，而這個利益他們依賴於他們所敬拜的對象，並且因為這樣做顯然最為方便。166
儘管愛德華滋相信國家教會，他也相信民事當局應該「與教會事務、與那些涉及良心和永恆救恩的事物，或與任何宗教事務作為宗教事務無關」。然而，這種限制並沒有將國家完全排除在與教會的任何關係之外。他在《雜記》14號中詳細討論了這個問題，他寫道：
14. 民事權威。民事當局與教會事務、與那些涉及良心和永恆救恩的事物，或與任何宗教事務作為宗教事務無關，這仍然與他們處理某些在某種意義上涉及宗教的事務相協調。因為儘管他們只處理民事事務，儘管他們的職責範圍不超出人民的民事利益，但由於宗教的信仰以及宗教事務在一個民族的國家和境況中所造成的差異，許多事情因此成為民事事務，否則就不會是。現在，我認為人民的民事利益或優勢（區別於那些涉及良心、上帝的恩寵和來世幸福的事物）通常是指他們在這個世界上的普遍利益或作為一個民族的利益，無論是他們的普遍利潤、快樂、和平或榮譽……現在我說，人民的這種利益可能是民事當局唯一需要處理的，但它仍然可以處理在某種意義上是宗教的事物，原因如前所述——因為許多事情，由於宗教的緣故，成為他們的民事優勢，也就是說，成為他們在這個世界上的優勢，否則就不會如此。同樣，許多事情也成為他們的民事劣勢。因此，一個民族的民事利益是不受干擾地公開聚集進行神聖敬拜，也就是說，這對他們在這個世界上的普遍和平、利潤和快樂是有利的。167
愛德華滋是教會立約的堅定信徒。他在關於（書 24:15-27）書 24:15-27的講道中證明了這一承諾：「命題一：上帝可見的子民在某些場合被清楚公開地呼召，要與上帝更新他們的聖約。」168 在關於（書 24:21-22）書 24:21-22的講道中，愛德華滋提醒他的會眾，他們自己在1741-42年間「莊嚴公開地更新了聖約」。169 在應用中，他警告北安普敦，他們比其他沒有立約的人更有可能被定罪。
「上帝可見的子民在某些場合被莊嚴公開地呼召，要與上帝更新他們的聖約，」愛德華滋說，並引用（申 29:1）申 29:1；（王下 1:17）王下 1:17；（代下 15:12）代下 15:12；（王下 23:2）王下 23:2 和（代下 34:31）代下 34:31。170 由於沒有為這樣的立約設定具體時間，它必須依賴於教會和國家的領袖，愛德華滋認為沒有理由不透過這種方式在兩篇關於（尼 2:20）尼 2:20的講道中促進復興。在這些講道中，他抱怨一些富人傾向於拆毀教會。171
關於（彼前 2:9）彼前 2:9的講道可能是喬納森·愛德華滋關於教會最全面的講道。172 為結束本章，我引用這篇最全面的講道的結尾部分，這部分談到教會是上帝特選的子民，然後反思這在今生和永恆中意味著什麼的奇妙。
基督徒是蒙揀選的族類，有君尊的祭司，是聖潔的國度，是屬上帝的子民
（彼前 2:9）彼前 2:9。惟有你們是被揀選的族類，是有君尊的祭司，是聖潔的國度，是屬上帝的子民，要叫你們宣揚那召你們出黑暗入奇妙光明者的美德。 173
三、真正的基督徒是聖潔的國度。在此我將簡要說明，
首先，他們如何是一個獨特的國度。
其次，他們如何是聖潔的。（從本節開始）